慈云禪寺位于清江大閘南側(cè),原名“慈云庵”,是江淮地區(qū)著名的寺廟,始建于明朝萬歷二十年(1592年)。清康熙十四年(1675年)秋,被順治皇帝敕封為“大覺普濟(jì)能仁琇國師”的玉琳法師南游到清江浦的“慈云庵”,八月十日趺坐而逝。康熙頒詔厚葬,重修“慈云庵”并建“法王塔”。雍正十三年(1735年),清世宗胤禛下詔在“慈云庵”原址新建,改“慈云庵”為“慈云禪寺”,并親題匾額。
當(dāng)時的“慈云禪寺”占地二十五畝。門前照壁,左右分別有“春靄慈云坊”和“澤溥萬方坊”兩座牌坊。五重殿宇,華麗壯觀,寺內(nèi)遍植蒼松翠柏、名貴花木,四季溢香。乾隆四十五年(1780年)與四十九年(1784年)兩次南巡,均入寺瞻禮。咸豐十年(1860年)捻軍攻入清江浦,慈云寺被全部焚毀。
同治元年(1862年),慈云寺得以復(fù)建重修,歷經(jīng)二十年才恢復(fù)舊貌。復(fù)建以來,該寺一直處于半寺半衙的狀態(tài)。同治年間,李鴻章的淮-運(yùn)局設(shè)于寺中。光緒三十年(1904年),地方士紳在寺中辦“浦惠粥廠”賑濟(jì)災(zāi)民。光緒三十二年(1906年)江蘇提督劉永慶于寺中辦“江北警察員弁學(xué)堂”,后復(fù)設(shè)警察分局。
民國七年(1918年),“慈云寺”的“大雄寶殿”再次毀在大火中。連年的戰(zhàn)亂,加上水、旱災(zāi)禍相繼,后又遭日寇入侵,寺院從此一蹶不振。民國二十五年(1936年),中國佛教協(xié)會淮陰支會成立,會址即設(shè)于寺內(nèi)。解放前,寺內(nèi)還舉辦過“大成-”(兒童慈善學(xué)校)。
解放后,“慈云寺”由淮陰花紗布公司及五金公司先后占用。1986年,省政府批復(fù)同意將“慈云寺”修復(fù)開放,列為省重點(diǎn)寺廟之一。
從1990年冬開始,“慈云禪寺”開始了全面修復(fù),歷時四年,終于對外開放,重現(xiàn)昔日莊嚴(yán)雄偉的風(fēng)貌。